PCR是一种敏感和有效的方法，用于在短时间内将单拷贝的目标DNA序列扩增至数百万拷贝。因此用于PCR反应的
96孔PCR板必须避免存在污染物和抑制剂，同时又具有可保障PCR效果的高质量。
为了避免可干扰DNA扩增的污染，PCR板应不含核酸酶和DNA的污染。尽管如高压和辐射等灭菌方法可去除细菌和DNA酶，但这些方法并不能去除灰尘和DNA残留。残留的灰尘客户可能会抑制PCR，而片段化的DNA依然可作为模板从而产生非特异性的扩增。
因此，在生产96孔PCR板时，从制模到包装都必须在具有颗粒数量限制的设施环境中进行。例如，100000级洁净室允许在立方英尺空气中不超过100,585个直径≥0.5μm的颗粒。这些类型的设施符合国际标准化组织（如）规定的严格指导原则，以防止灰尘和生物污染。
为了确保质量，生产商可能需要对PCR板材进行视觉或物理检验其完整性，以确保对于反应成分保护。可以执行物理测试来评估样品孔的蒸发，密封和电连续性以检查泄漏。
对于生物测试，PCR板会进行某些DNA目标分子的qPCR扩增，以评估核酸酶和人类DNA的污染。生产商对于经历过这些严格检验的96孔PCR板可提供相应的检测报告书。
